Nasceu em Montemor-o-Novo (Alentejo) em 1943. Formou-se em Filosofia e lecionou Estética na Universidade Nova de Lisboa. Entre 1968 e 1969 foi escritor residente nos Estados Unidos – Iowa International Writing Program – e na Alemanha – Berliner Künstlerprogramm. Com apenas 19 anos publicou o seu primeiro romance, Rumor Branco (1962).
O núcleo da sua obra consiste na Tetralogia Lusitana, um conjunto de romances que se centram na saga de uma família de lavradores em decadência, antes, durante e depois da Revolução do 25 de Abril. O primeiro, A Paixão (1965), foi traduzido para alemão com o título “Passionstag” e editado pela S. Fischer Verlag.
O autor foi já distinguido com diversos prémios, tais como o Prémio Aquilino Ribeiro da Academia das Ciências de Lisboa; Vergílio Ferreira da Universidade de Évora ou, ainda, o Prémio da Universidade de Coimbra, pelo conjunto da sua obra. Os seus títulos estão traduzidos em 13 línguas e são objeto de estudo académico por todo o mundo.
Em 2018, Almeida Faria fez parte da delegação de autores de língua portuguesa na Feira do Livro de Leipzig.