Guerra da Mata nasce em Lourenço Marques, Moçambique e passa os seus anos formativos em Macau. Tendo estudado Design Gráfico e Tipografia dedica-se a estas atividades em Lisboa no início da sua vida profissional. Desde 1995 o seu trabalho encontra-se ligado ao cinema e exerce neste meio as funções de art director, production designer, em guarda-roupa, em maquilhagem, como ator, assistente de realização, argumentista e realizador. Em 2003, foi convidado pela Escola Superior de Teatro e Cinema a desenhar o programa da disciplina de Art Direction/Production Design, até aí inexistente. Foi professor da referida disciplina de 2004 a 2011.
Em 2016, o Centro Pompidou de Paris dedicou-lhe uma Retrospetiva Completa e Instalação, em conjunto com João Rodrigues, de quem é colaborador de longa data. Outras retrospetivas internacionais incluem duas retrospetivas itinerantes no Japão, Taipei, Rio de Janeiro, Harvard Film Archive e Madrid. Os seus filmes fazem parte das coleções de várias cinematecas e museus, destacando-se a coleção permanente do Museum of Modern Art (MoMA).
Em 2017, vive em Berlim com João Pedro Rodrigues, no âmbito de uma bolsa da DAAD Artists-in-Berlin residency. Neste contexto vê a sua obra exposta no Kino Arsenal da cidade.