Guerra da Mata wurde in Lourenço Marques (Mosambik) geboren und wuchs in Macau auf. Er studierte Grafikdesign und Typografie und widmete sich zu Beginn seiner beruflichen Laufbahn in Lissabon diesen Feldern. Seit 1995 näherte sich seine Arbeit dem Kino an und er übernahm Rollen wie die des Artdirectors, Szenenbildners, Kostümbildners, Maskenbildners, Schauspielers, Regieassistenten, Drehbuchautoren und Regisseurs. 2003 wurde er von der Theater- und Filmhochschule eingeladen, den Studiengang Art Direction/Szenenbild zu entwickeln, den es bisher noch nicht gab. Zwischen 2004 und 2011 war er Professor dieses Studienganges.
2016 widmete das Georges-Pompidou-Zentrum in Paris ihm eine Gesamtretrospektive und Installation (25.11.2016-2.1.2017) zusammen mit João Rodrigues, mit dem er seit vielen Jahren zusammenarbeitet. Andere internationale Retrospektiven fanden zum Beispiel in Japan, Taipei, Rio de Janeiro, dem Harvard-Filmarchiv und Madrid statt. Seine Filme sind Teil der Sammlungen verschiedener Kinematheken und Museen, unter anderem der ständigen Sammlung des Museum of Modern Art (MoMA).
2017 lebte er wie João Pedro Rodrigues im Rahmen des DAAD-Stipendiums Artists-in-Berlin residency für ein Jahr in Berlin. In diesem Rahmen wurde sein Werk im Berliner Kino Arsenal gezeigt.